Stationiert ist das KSK in der Graf-Zeppelin-Kaserne in Calw (Schwarzwald) in dem dortigen, mittlerweile aufgelösten, Brigadekommando 25. Ebenfalls war dort die 25. Luftlandebrigade stationiert, die gleichfalls aufgelöst ist.
Da der Großteil der Soldaten von ihrer militärischen Ausbildung her Fallschirmspringer sind und Fallschirmabsprünge auch weiterhin zum ständigen Einsatztraining gehören werden, können so alle vorhandenen Einrichtungen weiter voll genutzt werden.
Zusätzliche, KSK-spezifische Trainingseinrichtungen wurden und werden ergänzt. Der Führungsstab des KSK entstammt zu einem guten Teil der 25. Luftlandebrigade und den beiden ebenfalls aufgelösten Fernspähkompanien 100 und 300.
Diese Offiziere und Unteroffiziere bilden die Kernzelle des KSK und werden bis zum Jahre 2000 das KSK zur vollen Stärke von 1000 Mann in vier Kommandokompanien und einer Fernspähkompanie aufbauen und die neu hinzukommenden Truppenteile ausbilden.

Die Abstimmung möglicher Einsätze des KSK in Verbindung mit unterstützenden Einheiten wie z.B., aus Kräften der Luftlandebrigade 26 (Saarlouis) bzw. Luftlandebrigade 31 (Oldenburg), wird i.d.R. vom übergeordneten Kommando Luftbewegliche Kräfte/4. Division in Regensburg durchgeführt.

Aufbau und Struktur des KSK
Das KSK wurde am 20. September 1996 offiziell aufgestellt und hat mit den nachstehenden Einheiten den Ausbildungsbetrieb aufgenommen:

• Stab,
• Stabs- und Fernmeldekompanie (1 Stabszug, 3 Fernmeldezüge),
• Unterstützungskompanie (Sanitätswesen),
• Fernspähkommandokompanie,
• Kommandokompanie 1 und 2,
• Kommandokompanie 3 und 4 (Aufstellung erfolgte 1998) und das
• Ausbildungs- und Versuchszentrum.

Infolge der dreijährigen Ausbildung der Kommandosoldaten wird das KSK bis 2001 aufgewachsen sein.

Die Fernspähkommandokompanie (KSK) stellt die Erfüllung von Fernspähaufträgen sicher. Sie gewinnt Aufklärungsergebnisse im Interessenbereich der im Einsatz befindlichen Kräfte des Kommando Spezialkräfte und überwacht wichtige Geländepunkte.

Damit die Einsatzkräfte ihre Aufgaben im Frieden und im Einsatz erfüllen können, verfügt das Kommando Spezialkräfte über einen umfangreichen Unterstützungsbereich, bestehend aus einer Logistik- und einer Fernmeldeeinheit sowie aus Sanitätskräften.
Hinzu tritt das Ausbildungs- und Versuchszentrum, welches das Auswahlverfahren wie auch die Ausbildung der Kommandosoldaten durchführt. In enger Zusammenarbeit mit der Gruppe Weiterentwicklung werden Grundsätze für Ausbildung, Führung und Einsatz entwickelt und Erprobungen durchgeführt. Mit seinem Pionierspezialzug unterstützt das Ausbildungs- und Versuchszentrum Kommandoeinsätze.

Der Kommandeur des Spezialverbandes wird von einem Kommandostab unterstützt, der den Umfang eines verstärkten Brigadestabes besitzt. Dieser plant, bereitet vor und führt die Einsätze, wirkt darüber hinaus mit an der Weiterentwicklung konzeptioneller Grundlagen, ist zuständig für Ausbildung sowie Organisation und stellt die Forderungen für Ausrüstung und Nutzung von Wehrmaterial.

Jede der Kommandokompanien wird aus etwa 80 Mann bestehen und weiter in Führungsgruppe und vier Kommandozüge zu je vier Kommandotrupps unterteilt sein. Dabei werden diese Kommandotrupps je nach Fähigkeiten und Aufgabenbereich frei einteilbar sein. Dies erlaubt eine optimale Nutzung der zur Verfügung stehenden Kräfte.
Grundeinheit jedes Kommandotrupps werden vier besonders geschulte Soldaten sein, die alle etwa über die gleichen Fähigkeiten verfügen. Aufgefüllt werden die Kommandotrupps dann durch Spezialisten (spezialisiert auf: Waffen, Fernmelde-, Pionierspreng-, Sanitätswesen oder Fremdsprachen).
Auch wenn eine größtmögliche Flexibilität im Austausch der Spezialisten bestehen soll, werden sich die einzelnen Kommandotrupps doch weiter spezialisieren. Der 1. Zug wird sich auf das Eindringen zu Lande, der 2. Zug auf das vertikale Eindringen aus der Luft, der 3. Zug auf alle Arten von amphibischen Operationen und der 4. Zug auf Operationen unter besonderen geographischen (z.B. Gebirge) oder meteorologischen (z.B. Polarregion) Verhältnissen spezialisieren.
Die Fernspähkompanie wird aus 100 Mann in zwei Zügen bestehen. Der 1. Zug wird die Kommandozüge bei ihren Operationen unterstützen, der 2. Zug wird eigenständig auf konventionelle Weise operieren.

Neben diesen Einsatzkompanien werden ein Kommandostab, eine Stabs- und Fernmeldekompanie sowie eine Unterstützungskompanie angegliedert.
Die Unterstützungskompanie wird die Kommandokompanien bei ihren Einsätzen unter anderem mit Ärzten und sonstigen speziellen Dienstleistungen unterstützen.

In Calw steht zudem ein Ausbildungs- und Versuchszentrum für alle Belange des KSK bereit (Diese Einheit besteht in Teilen bereits seit April 1996 und ist in erheblichem Maße am Aufbau des KSK beteiligt).

Von den zukünftig etwa 1000 Mann im KSK werden etwa 850 Berufs- oder Zeitsoldaten sein.
Hinzukommen werden noch etwa 150 Grundwehrdienstleistende, die allerdings ausschließlich im Dienstleistungs- und Stabsbereich der Kaserne tätig sein werden. Angehörige des Kommandos werden überwiegend Fallschirmjäger, Gebirgsjäger, Fernspäher und Heeresflieger im Offiziersrang (7 %) oder bei Unteroffizieren aus der Dienstgradgruppe "Feldwebel" sein.