Kommandeur der GSG 9 ist ein Polizeidirektor der Bundespolizei, dem folgende Bereiche unterstehen:

4 Einsatzeinheiten, jeweils bestehend aus

• Führungstrupp (FüTr)
• 6 Spezialeinsatztrupps (SET), bestehend aus 1 SET-Führer und 4 PVB f. b. V.

Technische Einheit, bestehend aus

• Führungstrupp (FüTr)
• 3 Spezialeinsatztrupps Technik (SET T), bestehend aus 1 SET T-Führer und 4 PVB f. b. V.

Iuk- und Dokumentationseinheit, bestehend aus

• Führungstrupp (FüTr)
• Funktrupp Lastkraftwagen UKW (FunkTr L (UKW))
• Fernsprech- und Fernschreibanschlußtrupp (FeFaTr)
• Beweis- und Dokumentationstrupp (BeDoTr)
• Instandsetzung Elektronik/Information und Kommunikation (Inst. EL/IuK)

Ausbildungseinheit, bestehend aus

• Führungstrupp (FüTr)
• 4 Spezaleinsatztrupps Ausbildungseinheit (SET AE), jeweils bestehend aus 1 Ausbilder und 4 PVB

Führungsstab, geleitet vom stv. Kdr., mit folgenden Stabsbereichen (StB)

• StB 1 - Einsatzangelegenheiten
• StB 2 - Führungs- und Einsatzmittel
• StB 3 - Aus- und Fortbildung
• Sachgebiet (SG) Entwicklung und Erprobung
• Zentrale Dienste
• Sanitätsdienst